Menurut Keputusan Dekan FKKMK UGM Nomor 1720/UN1/FK/KMK/KPT/TU/2024, Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran-Kesehatan merupakan program studi lintas Departemen, yang berada di bawah koordinasi dan bertanggung jawab kepada Dekan untuk pengembangan kurikulum, sistem evaluasi dan mutu tata kelola. Program Studi bertugas menjalankan proses pembalajaran sesuai kurikulum, dan melakukan proses penjaminan mutu pelaksanaan program studi sesuai dengan ketentuan yang berlaku. Dalam menyelenggarakan tugas, Program Studi melaksanakan fungsi sebagai pelaksana pendidikan dan pembelajaran untuk jenjang doktor. sesuai dengan kurikulum.
Pengelola Program Studi Doktor terdiri dari Ketua dan Sekretaris Program Studi (yang diangkat oleh Rektor), serta Komite Standar Akademik (KSA) dan Tim Penjaminan Mutu (yang ditetapkan dengan keputusan Dekan). Ketua dan Sekretaris Program Studi serta Tim Penjaminan Mutu ditetapkan untuk periode lima tahun (2021/2022-2026/2027), sedangkan tim KSA diperbarui setiap satu tahun. Selain itu, penyelenggaraan program studi juga didukung oleh tenaga kependidikan dan para asisten.
