Pendidikan
Reguler
Sebagian besar peserta Program Studi S3 mengikuti jalur reguler, dengan sumber beasiswa yang bervariasi. Pembelajaran di jalur ini sebagian besar dimulai di semester pertama tahun akademik.
Kerja sama
Program kerjasama merupakan kerjasama antara Program Studi S3 dengan institusi tempat bekerja mahasiswa yang didasari oleh Memorandum of Understanding (MoU) atau Perjanjian Kerja Sama (PKS) yang berlaku. Beberapa kerjasama yang dimiliki antara lain kerjasama dengan RS Kanker Dharmais, RS Mata Jakarta Eye Centre, serta RSPAD Gatot Subroto.
Internasional
Jenis program Internasional diperuntukkan bagi peserta Warga Negara Asing (WNA) yang merupakan bagian dari kerjasama pemerintah Indonesia (misalnya untuk mahasiswa dari Palestina). Bentuk lain program ini adalah kolaborasi internasional dengan Universitas di luar negeri, baik dalam bentuk joint supervision maupun joint/double degree.
Kolaborasi yang telah diinisasi adalah kolaborasi dengan Flinders University dalam bentuk kerjasama pembimbingan mahasiswa. Beberapa mahasiswa Prodi S3 FKKMK dibimbing langsung oleh dosen dari Flinders University sesuai bidang keilmuan yang diambil.
By research
Diperuntukkan bagi pendaftar yang telah memiliki pengalaman penelitian dan publikasi sebelumnya, dalam rangka mengembangkan dan meningkatkan jumlah dan kualitas penelitian serta publikasi.
