Pendidikan
Reguler
Program reguler merupakan jalur pendaftaran umum yang diperuntukkan bagi calon mahasiswa yang mengikuti jalur seleksi reguler. Sebagian besar peserta Program Studi S3 mengikuti jalur reguler, dengan skema mandiri, kerjasama atau beasiswa. Dalam skema kerja sama, terdapat kolaborasi dengan berbagai institusi, termasuk RS Kanker Dharmais, RS Mata Jakarta Eye Centre, dan RSPAD Gatot Subroto.
Doktor Berbasis Riset (DBR)
Program Doktor berbasis riset (DBR) ini berfokus pada penelitian yang berkualitas tinggi sebagai inti dari proses pembelajaran. Program ini diperuntukkan bagi peserta yang sebelumnya telah memiliki pengalaman penelitian yang memadai di jenjang pendidikan sebelumnya dan publikasi di jurnal internasional. Jalur ini diprioritaskan bagi para peneliti.
Percepatan Pembelajaran (Fast track)
Program percepatan pembelajaran atau fast-track diperuntukkan bagi mahasiswa magister yang memiliki kompetensi dan menunjukkan prestasi akademik yang unggul sehingga diberi kesempatan untuk mempercepat studi ke jenjang Doktor. Program percepatan pembelajaran ini dapat ditempuh dengan skema beasiswa Pendidikan Magister menuju Doktor Sarjana Unggul (PMDSU).
Gelar Bersama (Joint Degree) atau Program Gelar Ganda (Double Degree)
Program ini memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk memperoleh gelar dari UGM dan universitas mitra internasional melalui kolaborasi akademik lintas negara. Program gelar bersama atau joint degree dilaksanakan dengan perguruan tinggi mitra yang memiliki program studi dan jenjang yang sama untuk menghasilkan satu gelar. Sedangkan program double degree atau gelar ganda dilaksanakan dengan perguruan tinggi mitra dengan program studi berbeda pada jenjang yang sama atau berbeda. Program studi telah bekerjasama dengan beberapa Institusi mitra, yaitu Taiwan Medical University (TMU), Vrije Universiteit Medisch Centrum (VUMC) Amsterdam, University of Groningen, dan Kobe University.
Internasional
Program Internasional ini ditujukan untuk peserta didik Warga Negara Asing (WNA), baik secara mandiri maupun melalui kerja sama pemerintah Indonesia untuk menempuh program Doktor di Program Studi Doktor, FKKMK UGM. Program ini dapat pula berbentuk Joint Supervision, yaitu mahasiswa dibimbing bersama oleh pembimbing dari FKKMK UGM dan universitas luar negeri. Beberapa kerjasama yang dilakukan adalah kerjasama dengan Flinders University, kerjasama pendanaan dengan pemerintah Timor Leste, kerjasama pendanaan untuk mahasiswa Palestina, dan kerjasama lainnya.
